Tiếng Enggano đã trải qua nhiều biến âm, làm nó trở nên khác biệt với các ngôn ngữ Nam Đảo khác trong vùng.[15] Ví dụ (PMP = tiếng Mã Lai-Đa Đảo nguyên thuỷ):

• PMP *ŋ > h   (*taliŋa "tai" > e-kadiha)
• PMP *m > b   (*Rumaq "nhà" > e-uba)
• PMP *n > d   (*anak "con" > e-ada)
• PMP *s > k   (*si-ia "cô ta, anh ta, nó" > kia)
• PMP *t > k   (*mata "mắt" > e-baka)

Tiếng Enggano là ngôn ngữ Nam Đảo duy nhất ở miền tây có biến âm *t > k (biến âm này xảy ra độc lập nhiều lần trong nhiều nhóm con của nhóm ngôn ngữ châu Đại Dương).[16]

Một điểm khác thường nữa là sự hoà âm âm mũi trong khối từ vựng Nam Đảo, tức việc tất cả phụ âm lẫn nguyên âm đứng sau một nguyên âm mũi trong một từ được đều mũi hoá. Ví dụ, *eũ’ada’a trở thành eũ’ãnã’ã, so với e-uba 'nhà' và ʔa-riba 'năm' (< PMP *Rumaq, *ka-lima, cf. rumah, lima tiếng Mã Lai).[17]